1). Используйте SWFObject для встраивания, иначе вы станете абсолютно помешанными.
2). wmode="transparent"
- это дьявол - используйте его только в том случае, если это действительно ДЕЙСТВИТЕЛЬНО необходимо. Это убивает производительность, плохо сочетается с остальной частью страницы и в целом раздражает ваших пользователей. Используйте «окно» или «непрозрачный», если вы можете сойти с рук.
3). Эта строка выглядит неправильно:
<param name="wmode" value="<?php echo $entry_user_fish;?>">
Скорее всего, не хотите указывать имя рыбы пользователя.
4). Или проблема может быть здесь:
<embed src="<?php echo $entry_user_fish;?>"
Трудно понять, не зная, что оценивают эти директивы PHP, но, если $ entry_user_fish не является "нечто.swf", оно не будет работать.