основной код .. просто набрал его, проверьте документ для получения более подробной информации
IndexSearcher[] searchers = new IndexSearcher[2];
searchers[0] = new IndexSearcher(searchDirOne);
searchers[1] = new IndexSearcher(searchDirTwo);
MultiSearcher searcher = new MultiSearcher(searchers);
Query query = QueryParser.Parse("foo","bar" , new StandardAnalyzer());
Hits hits = searcher.Search(query);
Документация MultiSearcher