Итак, вы хотите, чтобы вы могли выдать команду, которая сгенерирует все дерево каталогов?
cp -r <template> <destination>
Или я неправильно понимаю? Если вы хотите создать согласованную структуру каталогов, лучше всего просто скопировать ее из шаблона. Быстро, просто, сделано.