Проверка адреса электронной почты и проверка подлинности учетной записи - это две разные вещи.
Один из способов (и, возможно, единственный эффективный способ) сделать это - в конце процесса регистрации пользователя отправить электронное письмо с ответом «требуется подтверждение» на указанный адрес электронной почты (после проверки правильности формата).
Как отметил Грег Хьюгилл, вы должны истечь регистрации, которые не получили ответ в течение определенного периода времени, скажем, 7 дней.