Если одна из баз данных sqlite используется только как копия (только для чтения), и вы хотите проверить, был ли обновлен исходный файл базы данных, чтобы вы могли обновить копию (например, из Интернета, не загружая изначально, если он не отличается от копии), то вы можете просто сравнить первые 100 байтов обоих файлов базы данных (заголовки базы данных) http://www.sqlite.org/fileformat.html
Для байтов 24..27 заголовка базы данных, SQlite doc говорит:
24..27 4
Счетчик изменений файла. Каждый раз, когда транзакция базы данных фиксируется, значение 32-разрядного целого числа без знака, хранящегося в этом поле, увеличивается
После некоторого тестирования кажется, что счетчик изменений файла не увеличивается, когда транзакция базы данных фиксируется, а содержит только операторы select, что является желаемым поведением в случае, когда вы заключаете выборки в транзакцию и подтверждаете завершение транзакции.