Я не очень часто использую GD - я предпочитаю ImageMagick. Следующий метод работает, но я не уверен, является ли он наиболее эффективным:
// Get the original image.
$src = imagecreatefrompng('trans.png');
// Get the width and height.
$width = imagesx($src);
$height = imagesy($src);
// Create a white background, the same size as the original.
$bg = imagecreatetruecolor($width, $height);
$white = imagecolorallocate($bg, 255, 255, 255);
imagefill($bg, 0, 0, $white);
// Merge the two images.
imagecopyresampled(
$bg, $src,
0, 0, 0, 0,
$width, $height,
$width, $height);
// Save the finished image.
imagepng($bg, 'merged.png', 0);