Это может быть проблема управляемой / неуправляемой отладки.Вы не увидите неуправляемые библиотеки DLL, если будете выполнять управляемую отладку, и наоборот.«Автоматический» вариант, при котором VS пытается угадать, какую отладку вы хотите, не всегда работает.
Попробуйте подключиться к процессу после его загрузки, а затем укажите как управляемую, так и неуправляемую отладку в диалоговом окне, которое появляется при выборе параметра меню «Отладка -> Присоединить к процессу».