вам нужно будет добавить раздел обновления макета в файл конфигурации вашего модуля.исходя из того, что вы сказали, вам понадобится что-то вроде этого в вашем файле макета:
<?xml version="1.0"?>
<layout version="0.1.0">
<catalog_product_view>
<reference name="head">
<action method="addJs"><script>yourscript.js</script></action>
</reference>
</catalog_product_view>
<catalog_category_view>
<reference name="head">
<action method="addJs"><script>yourscript.js</script></action>
</reference>
</catalog_category_view>
</layout>
Затем в вашем файле конфигурации модулей вам потребуется что-то вроде:
<frontend>
<layout>
<updates>
<yourmodule>
<file>yourlayout.xml</file>
</yourmodule>
</updates>
</layout>
</frontend>
Это предполагаетчто yourscript.js находится в корне папки js.Очевидно, что вы не хотите помещать это здесь, поэтому сделайте то, что посоветовал Джонатан, и используйте:
<action method="addItem"><type>skin_js</type><name>path/file.js</name></action>
и поместите ваши js в папку вашей темы оформления.
Удачи!