Если это проблема безопасности, ответ будет «нет», потому что если git отслеживает историю файла, каждый, кто клонирует этот репозиторий, получит полную историю. Но если у вас есть контроль над всеми местоположениями, и вы просто хотите отследить его, но в тех других местах, чтобы не проверять его, возможно, git smudge и git clean filters могут вам помочь. Они позволяют вам редактировать содержимое файла, когда вы проверяете его и фиксируете. Я не уверен, что это хорошо подходит, но я пытаюсь найти работоспособное решение.
В качестве альтернативы можно отследить файл с альтернативным именем (т. Е. Не ".htaccess") и, где это применимо, и только там, где это применимо, создать символическую ссылку с именем .htaccess на отслеживаемое имя.