Похоже, вы хотите проверить, является ли версия запущенной программы ниже, чем строка версии, которую вы только что загрузили.
Вместо использования целочисленного сравнения вы можете просто сделать сравнение версий.
Создайте объект Version из загруженной строки: var downloadedVersion = new Version(versionStringDownloadedFromWeb);
и сравните ее с версией сборок:
if (Assembly.GetExecutingAssembly().GetName().Version < downloadedVersion)
{
// Your version is outdated!
}
Вы можете сделать это, так как объекты Version реализуют интерфейс IComparable.