JMF сложен, потому что обработка носителей сложна - «волшебной палочки» нет. Это не только старый, но заброшенный.
JMF прекрасно работает для поддерживаемых им кодеков, но эти кодеки не так сжаты, как те, которые были разработаны позже. OTOH, если вы можете разработать кодер / декодер для интересующего кодека, заставить JMF использовать его будет относительно просто - JMF поддерживает новые кодеки через SPI.
Нет, нет лучшей альтернативы, о которой я знаю. FMJ был разработан как альтернатива JMF, но, как я слышал, от него также отказались.