Вам необходимо прочитать о модели обработки XSLT и понять, как используются встроенные (по умолчанию) шаблоны XSLT .
Наблюдаемое поведение обусловлено встроенным шаблоном XSLT для текстового узла, который просто копирует его:
<xsl:template match="text()|@*">
<xsl:value-of select="."/>
</xsl:template>
Решение состоит в том, чтобы переопределить этот шаблон для любых текстовых узлов, которые не должны появляться в выходных данных , с шаблоном, который имеет пустое тело (ничего не делает и, следовательно, не копирует текстовый узел). В этом случае:
<xsl:template match="Version/text()"/>