Вы пытались привязать функцию JavaScript OnClickClient к кнопке, закрывающей модальное всплывающее окно, чтобы вручную вызвать PostBack на сервер?
function fnClickOK(sender, e) {
__doPostBack(sender,e);
}
это функция, которую вы должны включить в свой код, и вы можете привязать кнопку в коде таким образом
yourButton.OnClientClick = String.Format("fnClickOK('{0}','{1}')", yourButton.UniqueID, "");
Таким образом, должна происходить обратная передача, и из-за перезагрузки страницы все модальные будут скрыты.
Удачи!