Не совсем уверен в вашем вопросе. Хотите ли вы, чтобы у пользователя был доступ к одному набору модулей из Интернета, а другому - через мыло? Или есть разница в вашей настройке?
Во-первых, не должно быть разницей между доступными модулями пользователя в сети и мыльными вызовами.
Если вы хотите различный набор для каждого метода доступа, вам нужно изменить, например, "get_available_modules" в веб-сервисе мыла. Одним грубым подходом может быть создание массива переопределения в config_override.php и проверка этого массива в функции soap.