Что вы хотите сделать с данными? Хранить это? Передать это? Покажите это? Эти вопросы должны стимулировать ваш поиск подходящей технологии. Просто спросить, как вам следует форматировать ваши данные, все равно, что спросить, на каком языке вы должны программировать, без указания того, чего вы хотите достичь.
Для большинства задач, связанных с данными, хорошо, что у доктора Кодда есть лекарство: http://en.wikipedia.org/wiki/Edgar_F._Codd. Базы данных должны уметь делать практически все, что вы задумываете.
Если вы распространяете это, я защищаю простой текст. Когда вы катите свой собственный двоичный формат, ваши данные исчезают, когда уходит ваш парсер.
При использовании простого текста более глубокий вопрос заключается в том, куда поместить метаданные. Должен ли он быть внешним по отношению к файлу данных или внутренним («самоописание»).
Например, XML - это простой текст, как и исходный код. С исходным файлом есть спецификация, которая детально описывает синтаксис и семантику, тогда как XML предполагает для самоописания. Проблема в том, что это не так. Кроме того, он эволюционировал прямо из представления и разметки документов, но в настоящее время злоупотребляет всеми видами сериализации, передачи и хранения данных.