То, что вы описали, не может быть разумно сделано.Если пользователь может запустить программу, он может запустить ее.Неважно, загрузили ли они его с вашей флешки или нет.Вы можете написать его так, чтобы он предполагал, что он запускается с флешки (с относительными путями, согласно комментарию @ Kos), но это никоим образом не помешает людям скопировать его на свои жесткие диски и запустить.Поскольку вы не знаете, где будет ранее установлена флешка, вы даже не можете использовать абсолютные пути.