Я предполагаю, что вы все еще храните его в файле, который анализируется PHP, как уже говорили другие. Тогда, вероятно, что-то над этим фрагментом кода сбивает с толку php-парсер, поэтому он не распознает php-тег.
Чтобы проверить это, попробуйте вывести что-то еще перед этой функцией, может быть, просто комментарий или что-то еще.
Также используйте «var» перед client1, иначе client1 будет в глобальной области видимости.
обновление 1
Поскольку вы попытались вставить фрагмент php-кода, и он сломался, проблема заключается в том, что сервер не анализирует файл, как следует.
Чтобы проверить, действительно ли сервер анализирует ваши файлы .js (я считаю, что это не стандартная настройка), создайте новый файл: test.js
<?php echo "This is a test"; ?>
Откройте файл test.js в своем браузере и посмотрите на страницу источника. Если он имеет теги php, ваш сервер не анализирует файлы .js.
обновление 2
Если php работает в файлах .js, попробуйте переписать функцию следующим образом (извините, я не проверял ее, потому что у меня нет доступа к php-серверу сейчас)
<?php
echo "function makewindows(){var child1 = window.open (\"about:blank\"); " .
"child1.document.write(\"" . htmlspecialchars(json_encode($row2['ARTICLE_DESC']), ENT_QUOTES) . "\");" . "child1.document.close(); }";
?>