Трудно сказать, в чем проблема только с этим примером кода, но вы звоните SubmitChanges()
на свой DataContext в arquivoRepository.IncluirArquivo(file)
?
Если это так, а свойство CodArquivo вашего класса ArquivoDTO правильно настроено для идентификатора автоматического приращения, то это свойство должно обновляться автоматически после SubmitChanges ().