Есть ли способ изменить порядок ключей в файле resx?Я использую только строки, если это имеет значение.
Не совсем, файл .resx ведет себя как словарь. Словари - это неупорядоченные коллекции, вы находите вещи обратно через значение ключа, порядок не важен. Технически это можно сделать с помощью текстового редактора.
Вы пытались открыть его как файл XML и отредактировать?