Я понял это некоторое время назад и подумал, что вернусь и объясню, что происходит. Когда компилятор запускается, он компилирует существующие исходные коды (те, которые я написал), а затем генерирует исходные файлы из существующих исходных файлов, но не компилирует эти сгенерированные классы. В итоге я превратил это в проект Ant (согласно инструкции ). Итак, в основном у меня было две задачи: сначала создать новые исходные файлы (запуск javac с опцией -proc:only приводит к тому, что обработка аннотаций происходит без компиляции источников), а вторая - фактически скомпилировать все источники (созданные и существующие).