Я разрабатываю плагин для jquery "Terminal Emulator" , вы можете проверить это. Если вы пишете свою C-программу как JSON-RPC, вы можете создать свой терминал с одной строкой javascript.
Другое решение состоит в том, чтобы вообще не использовать PHP и создавать свой код в виде CGI, написанного на C или даже на Bash.
Обновление: Вы можете изменить свою программу на CGI-скрипт
int main() {
printf("Content-Type: text/plain\n\n");
// code of your program here
}
и поместите его в каталог cgi-bin и запустите через браузер http://yourserver.com/cgi-bin/program отобразит вывод в браузере