Есть ли библиотека, которая поддерживает загрузку дерева каталогов на удаленный сервер?
Вы всегда можете использовать клиент org.apache.commons.net.ftp.FTPClient и рекурсивно загружать все файлы в вашем каталоге.
org.apache.commons.net.ftp.FTPClient
Проект Виртуальная файловая система Apache (VFS) может сделать это, одновременно абстрагируя детали работы непосредственно с FTP-соединениями.