Если установщики просто добавляют нативы в путь к классам времени выполнения, расширение ExtensionInstallerService не требуется.
В этом случае просто добавьте сами нативы в кореньФайл Jar для каждой ОС и добавьте ссылки на эти Jar-файлы в раздел ресурсов (подходящим образом разделенный для каждой ОС) в качестве элементов nativelib.
@ finnw КСТАТИ: Хорошая ссылка на демонстрацию EIS.Я могу быть предвзятым, хотя - я написал это.;)