По моему опыту, когда рабочая копия повреждена, вы ничего не сможете поделать, заменив свежую и скопировав ожидающие изменения с помощью WinMerge или аналогичного инструмента.
Если вы на 100% уверены, что повреждена только корневая папка, вы можете извлечь свежую копию в новой папке и настроить параметр «Глубина извлечения», чтобы он не вызывал дочерние элементы. После этого вы копируете оставшуюся часть папки из проводника Windows.