Похоже, что исключенный файл исчезает из последней версии.
$ ls -l original/
total 0
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 0 2010-11-14 16:35 a.txt
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 0 2010-11-14 16:35 b.txt
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 0 2010-11-14 16:35 c.txt
$ ls -l backup/
total 0
$ rdiff-backup original/ backup/
$ ls -l backup/
total 4
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 0 2010-11-14 16:35 a.txt
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 0 2010-11-14 16:35 b.txt
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 0 2010-11-14 16:35 c.txt
drwx------ 3 jkiv jkiv 4096 2010-11-14 18:16 rdiff-backup-data
$ echo "Update for good measure." > original/a.txt
$ rdiff-backup --exclude original/b.txt original/ backup/
$ ls -l backup/
total 8
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 42 2010-11-14 18:16 a.txt
-rw-r--r-- 1 jkiv jkiv 0 2010-11-14 16:35 c.txt
drwx------ 3 jkiv jkiv 4096 2010-11-14 18:17 rdiff-backup-data