Не все вещи в Eclipse, которые проверяют, являются валидаторами. Много проверки приходит от строителей. Построитель довольно легко отключить, но могут возникнуть непредвиденные последствия, если он должен генерировать артефакты в дополнение к проверке. Чтобы отключить построитель, перейдите в Свойства проекта -> Строители и снимите флажок.
В качестве альтернативы некоторые инструменты, включающие сборщики, позволяют указывать, что о некоторых типах проблем не следует сообщать. Я не знаком с инструментами PHP, но я бы разбирался в настройках.