На самом деле, использование нескольких частичных файлов классов будет работать нормально. Я делал это раньше (хотя я не горжусь тем, что ... если у вас есть форма, настолько монолитная, что ее нужно разбить на несколько файлов, возможно, пришло время провести рефакторинг вашего кода ).
Тот факт, что дизайнер Windows Forms показывает пустую форму, когда вы открываете частичный класс, - это просто особенность Visual Studio. Если вы дважды щелкнете по «основному» файлу формы (в вашем случае, MainForm.vb), он будет отображаться правильно.
Другими словами, не волнуйтесь; код из ваших файлов частичных классов действительно принадлежит одному и тому же классу.