домен приложения используется для изоляции приложений, чтобы они не влияли друг на друга. Таким образом, наличие отдельного веб-сайта для каждой службы обеспечивает более высокую отказоустойчивость и позволяет обновлять только изменяющуюся службу, не затрагивая другие. Однако развертывание потребует немного больше работы. Также, вероятно, будет потребляться больше ресурсов, и инициализация займет немного больше времени (поскольку будет создано больше доменов приложений), но если это не приложение, критичное ко времени или производительности, это может вас не беспокоить.
Я думаю, что если между вашими сервисами есть хорошее разделение, ваши сервисы имеют (субъективно) разумную сложность, и в результате накладные расходы для вас незначительны, было бы лучше перейти на отдельные веб-сайты, иначе нет. (Да, в целом, это зависит.)
Примечание. Возможно, вы захотите взглянуть на эту статью:
Размещение нескольких служб WCF как одной услуги