Я думаю, что вы, возможно, путаете синтаксис JDO и JPA: см. Примеры на этой странице
JPA:
select from Person where
favoriteFood IN ('cheeseburger', 'pizza', 'fried chicken')
order by favoriteFood, age
СДО:
Query q = pm.newQuery(
"select from Person where :p1.contains(favoriteFood) order by favoriteFood, age");
q.execute(Arrays.asList("cheeseburger", "pizza", "fried chicken"));