Если вам нужно сделать это только один раз, и никогда больше, тогда делать это в редакторе хорошо.Когда вам приходится делать это несколько раз, тогда становится большой боль делать это вручную, и тогда автоматизация должна начать работу.
Без образца текста, содержащего цели, это похоже на стрельбу в темноте.Однако это похоже на ваше описание с использованием Ruby:
text = %{
[Lorem][] ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut
labore [et][] dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco
laboris nisi [ut][] aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in
voluptate velit esse [cillum][] dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat
non proident, sunt in culpa qui [officia deserunt][] mollit anim id est laborum.
}
text.scan(/\[[^\]]+\]\[\]/).each_with_index{ |t, i| text[t] = t.sub('[]', "[#{1 + i}]") }
puts text
# >>
# >> [Lorem][1] ipsum dolor sit amet, consectetur adipisicing elit, sed do eiusmod tempor incididunt ut
# >> labore [et][2] dolore magna aliqua. Ut enim ad minim veniam, quis nostrud exercitation ullamco
# >> laboris nisi [ut][3] aliquip ex ea commodo consequat. Duis aute irure dolor in reprehenderit in
# >> voluptate velit esse [cillum][4] dolore eu fugiat nulla pariatur. Excepteur sint occaecat cupidatat
# >> non proident, sunt in culpa qui [officia deserunt][5] mollit anim id est laborum.