Да, проблема, как вы описали. «Мобилизация» запускается, когда документ готов. Но так как ваши автономные запросы к БД асинхронны, они заканчиваются после того, как document.ready запущен. Таким образом, DOM обновляется позже, и в него не добавляется дополнительный CSS для всех элементов div и списка.
Я думаю, вам придется изменить источник мобильного js, чтобы он не запускался на готовом документе, а запускался, когда вы указываете его на запуск. Тогда вам придется вызывать эту функцию в обратном вызове вашей базы данных.
Похоже, это единственный вариант на данный момент.
Традиционно я использовал jqtouch, а теперь sencha. Я мало играл с jQuery mobile.
АЛЬТЕРНАТИВНО - вы можете выписать свой HTML после запроса его из базы данных с необходимыми стилями CSS. Если вы используете плагин Firebug для Firefox, вы можете увидеть, какие стили / классы применяются при запуске мобилизации. Вы можете просто написать свой HTML, используя эти соглашения. Не идеально, но будет работать.