На земле Мавен они называются модулями.Есть хороший способ еще больше разделить проект на отдельные части.
Люди по-разному относятся к Maven.Я видел проекты, в которых был действительный модуль проекта, а затем 10 или около того модулей реализации.Большинство людей используют их для вышеупомянутого разделения.
Скорее всего, вам понадобятся все модули для правильной работы.
Чтобы изменить проект, вам понадобится Maven.Я не знаю, есть ли в Eclipse встроенный maven, но, по крайней мере, в NetBeans.При этом вы можете изменить все, что захотите, а затем собрать его с помощью Maven, что должно быть простым щелчком мыши.