Используйте ресурс приложения - http://framework.zend.com/manual/en/zend.application.available-resources.html#zend.application.available-resources.session
Все, что вам нужно сделать, это предоставить раздел "сеанс" в разделе "ресурсы" вашего конфигурационного файла.
Как минимум, я 'рекомендую установить имя сеанса, например,
resources.session.name = "MyAppName"
или если вы используете Zend_Config_Xml
<resources>
<session>
<name>MyAppName</name>
</session>
</resources>
Если вы хотите сделать что-то сессионное в своем классе Bootstrap, просто убедитесь, что вы загружаете сеанссначала ресурс, чтобы выбрать параметры конфигурации, например,
protected function _initSessionNamespaces()
{
$this->bootstrap('session');
// now create your namespace(s) and whatnot
}