NAnt существует дольше и является значительно более зрелым продуктом, а также IMO более простым в использовании. Существует множество ноу-хау сообщества, к которому можно обратиться, и оно также кроссплатформенное, если вы заинтересованы в создании приложений, которые могут работать под Mono, а также .NET и Silverlight. Из коробки это делает намного больше, чем MSBuild. О да, и вы можете позвонить в MSBuild из NAnt (ОК, из NAntContrib): -)
С другой стороны, NAnt и его дочерний проект NAntContrib, похоже, застоялись, а последнее обновление было в конце 2007 года.
Основными преимуществами MSBuild, которые я вижу, является то, что он поставляется с .NET Framework, поэтому его нужно установить на один продукт меньше; и происходит более активное развитие (хотя и в местах, где можно догнать старшего NAnt).
Лично я нахожу его синтаксис более сложным для восприятия, но потом я уверен, что дальнейшее знакомство с ti облегчит ситуацию.
Вывод? Если вы работаете с существующими сценариями NAnt, придерживайтесь их, это не стоит хлопот по переносу. Если вы начинаете новый проект и чувствуете себя авантюрным, тогда попробуйте MSBuild.