Я обнаружил, что многие плагины ломаются, если файловый кеш Eclipse не синхронизируется с файловой системой. Попробуйте выполнить обновление всей рабочей области F5 и посмотрите, исчезнет ли проблема.
EDIT
Мой общий подход к такого рода вещам - попытаться игнорировать это. ИМО, стоит только изучить причину проблем, которые значительно мешают вашей способности выполнять реальную работу. К счастью, большинство ошибок Eclipse не попадают в эту категорию ...