У меня нет опыта работы с Flex Builder, но есть бесплатная альтернатива FlashDevelop , которую я широко использовал.Я считаю, что это то, для чего был создан as3proj. После установки FlashDevelop свяжется с этим файлом проекта.
Однако, если у вас уже настроена среда разработки, ее будет довольно легко скопировать.файлы в новый проект, поскольку Flash / Flex имеет строгую иерархию пакетов.