Вы говорите об инфраструктурном сервисе (IaaS - ec2) и сервисе платформы (PaaS - GAE) - последний построен на чем-то похожем на первый (но, очевидно, GAE не работает на ec2).
Чтобы получить мобильность, которую вы хотите - вам нужно встроить что-то, что хорошо работает на GAE - и затем решить, как перестроить инфраструктуру этой платформы под EC2 (вероятно, нетривиальная задача).Учитывая, что GAE для python очень близок к django, для простых приложений, тщательно написанных, вы можете достичь этого в некоторой степени, используя некоторые образы django в AWS / ec2 (очевидно, что бремя системных администраторов теперь ложится на вас, тогда как это не былоGAE).
Надеюсь, это поможет!