Вот пример с сайта ADO.NET.
Переименование столбцов во многих: многие таблицы:
modelBuilder.Entity<Product>()
.HasMany(p => p.Tags)
.WithMany(t => t.Products)
.Map(m =>
{
m.MapLeftKey(p => p.ProductId, "CustomFkToProductId");
m.MapRightKey(t => t.TagId, "CustomFkToTagId");
});
Пожалуйста, дополните этот пример вторым воображаемым ключом (т.е. ProductId2, TagId2) в каждой из таблиц.