Абсолютно.JMX является частью стандартного API JavaSE6.Каждая виртуальная машина Java5 + имеет встроенный сервер JMX.
Серверы приложений JavaEE обычно интенсивно используют JMX, но это ни в коем случае не ограничивается ими.
Сравнение с JMS заходит так далеко - да,Между интерфейсом и реализацией существует разделение, и да, в разных реализациях имеются проприетарные сетевые протоколы для удаленного доступа к ним, но JMX намного проще, чем JMS.