Какую версию Rails вы используете?
Для Rails 2.x вы, вероятно, также захотите установить плагин jrails для предоставления jquery-версий всех помощников javascript, таких как link_to_remote и periodically_call_remote.
Для Rails 3.0 вы должны загрузить jquery-ujs версию rails.js с github для достижения той же функциональности.
В противном случае вывам придется написать все ваши AJAX вручную, если вы просто удалите prototype и scriptaculous и вставите jquery.js.