Вы должны отредактировать файл php.lang
в C:\Program Files\gedit\share\gtksourceview-2.0\language-specs\
, изменить строку
<property name="globs">*.php;*.php3;*.php4;*.phtml;*.phtml</property>
на
<property name="globs">*.php;*.php3;*.php4;*.phtml;*.phtml;*.ctp</property>
и перезапустить gedit