Вы должны посмотреть на pandoc (по крайней мере, если я правильно понимаю ваш вопрос). Он может конвертировать между несколькими форматами (tex, pdf, word, reStructuredText), а также поддерживает расширенные версии синтаксиса уценки для обработки более сложных проблем (например, вставка информации заголовка в html).
С его помощью вы можете смешать markdown и LaTeX, а затем скомпилировать в html, tex и pdf. Вы также можете включить ссылки на bibtex из внешнего файла.
Некоторые примеры (от уценки до латекса и HTML):
pandoc -f markdown -t latex infile.txt -o outfile.tex
pandoc -f markdown -t html infile.txt -o outfile.html
Чтобы добавить собственный шаблон LaTex, переходящий от уценки к pdf, и библиографию:
pandoc input.text --template=FILE --bibliography refs.bib -o outfile.pdf
Это действительно гибкая и потрясающая программа, и я сам ею пользуюсь.