Выбор языка всегда зависит от того, что вы и ваша команда знаете лучше всего, и от проблемы под рукой.
Научные вычисления не распространены в тяжелых числовых методах на Ruby или PHP;никто не пишет веб-приложений на Фортране.Решаемая вами проблема повлияет на выбор.
Ваша среда развертывания также повлияет на выбор .NET по сравнению с Java EE.Если вы 100% магазин Microsoft, .NET - это простой выбор.Если у вас гетерогенная среда, возможно, Java EE для вас.Если вам нравится Linux, возможно, Java EE предпочтительнее Mono.
.NET и Java EE эволюционировали для решения подобных задач.Между функциями в языке почти есть соотношение 1: 1, за исключением некоторых достижений, таких как замыкания, добавленных в .NET.