Это не вопрос WiX, IMO. Файлы исполняемых программ Windows (PE) имеют встроенные ресурсы. Вам нужно будет использовать редактор ресурсов, чтобы взять скомпилированный EXE-файл и заменить значок. В противном случае вам придется перекомпилировать ваш EXE из исходного кода с новым значком.
Еще одна возможность - ваш EXE - очень тонкий шпон, который запускает DLL, в которой находится ваш настоящий код. Таким образом, люди могут создавать различные реализации EXE для брендинга, но совместно использовать общие функции.
Я делаю что-то подобное в Fireworks и IsWiX проектах, найденных в CodePlex.