Из того, что я вижу, уже правильно выделяется синтаксис, поэтому я думаю, что вы говорите о скрипте Cmd- /, который комментирует регион. Если вы выберете опцию Edit User Scripts в меню скриптов, вы установите, что это всего лишь скрипт на Perl. Найдите строку, которая проверяет shebang в файле, для какого типа комментария и заставьте его также искать python:
if ($fileString =~ m!^($perlCmt|$cCmt)?#\!\s*.*?/perl|^($perlCmt|$cCmt)?#\!\s*.*?/sh|^($perlCmt|$cCmt)?#\!\s*.*?/python!)
Обратите внимание, что вам нужно будет добавить python shebang к файлам, с которыми вы хотите, чтобы это работало.