То, что я видел, сделано, и что я в настоящее время использую, это встроенные массивы с идентификаторами узлов в каждом документе.
Таким образом, документ user1 имеет группы свойств: [id1, id2]
Документ group1 имеет свойство users: [user1].Документ group2 также имеет свойство users: [user1].
Таким образом, вы получаете объект Group и легко выбираете всех связанных пользователей, и то же самое для User.
Это займет немного больше работыпри создании и обновлении объекта.Когда вы говорите, что 2 объекта связаны, вы должны обновить оба объекта.
В MongoDB также есть концепция DBReferences, и в зависимости от вашего драйвера он будет извлекать ссылочные объекты автоматически при извлечении документа.
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+References#DatabaseReferences-DBRef