AFAIK единственный способ создания инкрементных резервных копий - использование двоичного журнала. У вас есть другие варианты, если вы хотите сделать полное резервное копирование (горячее копирование InnoDB), но инкрементное означает, что вам нужно регистрировать все сделанные транзакции.
Вы должны спросить себя, почему вы создаете резервную копию данных. Поскольку у вас есть подчиненный для репликации, я предполагаю, что резервная копия предназначена главным образом для возврата данных в случае случайного удаления?
Я бы, вероятно, вращал журналы каждые 1 час и делал бы резервную копию. Это означает, что при восстановлении данные будут иметь возраст не более 1 часа, и вы сможете восстановить их в любой момент времени с момента последнего полного снимка.