Нет такой вещи, как зашифрованный QR-код, что касается спецификации. В этом смысле нет.
Однако теоретически вы можете поместить любые байты в QR-код. Эти байты могут оказаться зашифрованной версией некоторых данных. Это не имеет смысла для большинства читателей, так как это нестандартное использование QR-кодов.
Но вы можете легко изменить кодер / декодер, чтобы сделать это на Android, да.