Также работает python-mode.el и когда я вкладываю комментарий, он циклически перебирает уровни отступа.Какую версию emacs вы используете?
edit получая описанное вами поведение, если сразу после # есть пробел.Я всегда ставлю пробел после, но для меня это звучит как ошибка.Я бы спросил в списке python-mode.el.