Я полагаю, что это потому, что индекс обычно используется для перестройки самого себя, и как физические rowid-ы используются в индексе.
Индекс в обычной таблице хранит физические rowid-ы, но потому что организованная по индексу таблицаимеет плавную структуру, вторичный индекс может хранить только физическое предположение о строке.
Когда вы перестраиваете индекс на обычной таблице, ему не нужно ссылаться на исходную таблицу для физических строк, он имеетих уже в индексе.Но в таблице, организованной по индексу, пересборка должна снова просмотреть физический rowid и, следовательно, вынуждена сканировать базовую таблицу.